Mutations, variations du nombre de copies des chromosomes, translocations en lien avec les données cliniques et radiologiques pour comprendre les variations interindividuelles.
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Collaborateurs: Kids Cancer Centre Sydney,
Sur cette page vous trouverez :
une description de l'équipe et de nos principaux projets de recherche, des ressources éducatives et nos publications les plus marquantes.
N'hésitez pas à nous contacter pour nous demander d'autres ressources.
Programme
Compétences
Nos faits marquants ces dernières années
Découverte du mécanisme de radiorésistance initiale de DIPG
(Clin Cancer Res 2019)
Coralie Werbrouck étudiante du laboratoire qui a passé sa thèse en 2020 avec le soutien de la fondation Philanthropia a testé la sensibilité à l’irradiation des cultures de cellules souches de DIPG. Elle a découvert que les cellules qui avaient une mutation du gène TP53 étaient plus résistantes à l’irradiation. En inactivant l’expression du gène TP53 non muté des cellules souches tumorales sensibles à l’irradiation au laboratoire, on pouvait rendre ces cellules plus résistantes à l’irradiation. De même, les patients dont les cellules souches tumorales répondaient mal à l’irradiation ont ré-évolué plus rapidement après la radiothérapie. De plus, les patients avec des mutations de TP53 dans leur tumeur avaient une moins bonne réponse clinique à la radiothérapie et un plus mauvais pronostic. Ces données sont importantes pour essayer de mieux adapter les traitements par radiothérapie.
Découverte d’une nouvelle sorte de DIPG
(Acta Neuropathologica 2019)
Dix pourcent des DIPG ne présentent pas de mutation des histones H3 sur la Lysine 27. Nous avons pu démontrer que l’altération fonctionnelle aboutissant au DIPG était causée par la ré-expression d’une petite protéine, normalement exprimée uniquement durant les temps précoces de l’embryogénèse. Ces formes sont plus fréquentes chez les adolescents. Ces patients doivent maintenant être traités comme les autres DIPG. Cette information suggère que le déclanchement du DIPG intervient très tôt dans le développement du cerveau.
Le premier séquençage du génome entier des DIPG
(Nature Genetics 2014)
Nous avons répondu avec le groupe de Chris Jones à un appel d’offre du Welcome Trust pour le séquençage des tumeurs rares. Vingt échantillons de biopsies stéréotaxiques faites au diagnostic du DIPG ont été analysées en WGS. C’est la première analyse de type NGS réalisée sur du matériel tumoral au diagnostic puisque jusque-là ce sont surtout des échantillons autopsiques qui avaient été profilés. Nous avons confirmé la grande prévalence des mutations d’histones H3 (90% des DIPG) mais aussi découvert une autre anomalie récurrente au niveau du gène ACVR1 dans certains DIPG, jusque-là jamais décrit dans le cancer. Il s’agit d’une cible thérapeutique potentiellement actionable, y compris comme nous l’avons déterminé secondairement avec des inhibteurs de tyrosine kinase multicibles comme le dasatinib (Truffaux et al, Neuro-oncol 2015). Ce travail a fait l’objet d’une co-publication avec celles de trois autres études nord-américaines concurrentes sur le même sujet.
Le premier crible de médicaments dans les DIPG
(Nature Medicine 2015)
Nous avons coordonné les efforts du consortium RAPID regroupant 8 équipes nord-américaines et 2 équipes européennes dont la nôtre pour tester un panel de 80 drogues ciblées sur des cibles thérapeutiques potentielles dans les DIPG. Ce travail, cosigné comme premier auteur par notre étudiante en thèse Nathalène Truffaux, a permis d’identifier l’effet thérapeutique des inhibiteurs de déacétylases d’histone à la fois in vitro et in vivo. Le mécansime d’action fait appel à une reprogrammation épigénétique des cellules tumorales qui perdent leur signatures mésenchymateuse et de cellules souches. Comme attendu, il existe une augmentation globale de l’acétylation en K27 qui déséquilibre les marques régulatrices sur les histones H3. L’effet antitumoral est cependant limité par la biodisponibilté intracérébrale comme nous l’avons montré dans des études ultérieures sur d’autres modèles (Plessier et al, Oncotarget 2017). D’autres drogues efficaces in vitro ont aussi été identifiées dans ce crible comme le dasatinib que nous avons ensuité validé seul et en association sur d’autres modèles (Truffaux et al, Neuro-oncol 2015).
L’identification de deux sous-types de DIPG
(Acta Neuropathologica 2015 et 2016)
En analysant la plus large série de DIPG publiée à ce jour (91 biopsies), David Castel a montré l’existence de types de DIPG selon l’histone H3 mutée en K27. Bien que l’effet sur la dysfonction de PRC2 et la perte globale de triméthylation sur la Lysine 27 soient les mêmes quelle que soit l’histone H3 mutée, les phénotypes tumoraux obtenus diffèrent complètement entre les tumeurs mutées au niveau de l’histone H3.1 et celles mutées au niveau de l’histone H3.3. Le phénotype des premières se caractérise par : un âge de survenue plus jeune, l’expression prédominante de marqueurs astrocytaires, l’association spécifique de certaines altérations génomique (gain du chromosome 2, mutation de ACVR1, mutations dans la voie PIK3/AKT/mTOR), une meilleure réponse à la radiothérapie et une survie globale significativement moins mauvaise. A contrario, l’oncogénèse des tumeurs avec un mutation K27M sur l’histone H3.3 s’associent préférentiellement à des mutations de p53 (qui sont les premières mutations que nous ayions identifiées dans les DIPG (Grill et al, Ped Blood Cancer 2012)) et à une amplification de PDGFRA.
La mise en place des premiers modèles cellulaires et animaux de DIPG à partir des biopsies stéréotaxiques réalisées au diagnostic
(Oncotarget 2017)
Alors que les modèles de DIPG sont encore peu nombreux et développés uniquement à partir des autopsies réalisées après traitement, nous avons choisi de lancer un grand programme pour mettre au point des modèles cellulaires originaux (cellules souches tumorales adhérentes cultivées sur laminine) et des modèles de xénogreffes récapitulant les différentes formes de gliomes infiltrants du tronc rencontrées chez les patients. Nous pensons en effet que les modèles génétiquement modifiés par l’introduction d’un nombre limité de mutation dans une cellule souche neurale quelconque ne reproduisent pas la complexité de ces tumeurs de façon satisfaisante. Alexandre Plessier (étudiant en thèse) et Ludivine Le Dret (étudiante ingénieur EPHE) ont créé une série d’une vingtaine de cultures de cellules souches et une dizaine de xénogreffes orthotopiques dans le tronc cérébral. Ces xénogreffes ont été obtenues soit par transplantation directe des cellules de la biopsie après dissociation (PDX), soit à partir des cellules souches tumorales cultivées et transduites au préalable avec des gènes rapporteurs fluorescents et bioluminescents. Ces modèles murins ont été également analysés dans une IRM à très haut-champ avec nos collègues de Neurospin. Ils sont maintenant largement utilisés dans tous nos projets.
Le Lancement de l'essai BIOMEDE
(1 octobre 2014)
En outre, un autre fait marquant de ce dernier exercice a été le lancement fin 2014 de l’essai BIOMEDE (BIOlogical MEdicine for DIPG Eradication). Cet essai international (Europe et Australie) randomise trois drogues qui correspondent aux cibles thérapeutiques les plus fréquemment identifiées dans les DIPG par nos études préalables : l’activation de la voie PIK3/AKT/mTOR (everolimus), la surexpression de EGFR (erlotinib) et l’amplification/activation de PDGFRA (Dasatinib). L’absence du biomarqueur élimine la drogue considérée de la randomisation. A ce jour, 198 patients ont été inclus dans cette étude qui est de loin la plus grande étude jamais réalisée dans cette maladie. Notre équipe de recherche analyse le profil génomique (exome) et transcriptomique (RNAseq) des patients de l’étude. Les résultats sont utilisés dans le programme de médecine personnalisée pour proposer un éventuel traitement de deuxième ligne. Un manuscript est en préparation décrivant les résultats chez les 100 premiers patients étudiés.
Voir une video explicative de l'essai BIOMEDE
Le premier crible de létalité synthétique dans les DIPG au diagnostic
(Oncogene 2019)
La méthode utilise des virus qui codent pour des ARN interférants qui inhibent spécifiquement l'expression d'un gène. Nous avons criblé 700 kinases pour découvrir lesquelles étaient vitales pour les DIPG sans être indispensables à la survie des cellules souches neurales normales. Nous avons ainsi identifié VRK3 comme une protéine indispensable à la survie des cellules de DIPG. C'est une nouvelle vulnérabilité de ces tumeurs qui n'aurait pas pu être identifiée par l'analyse du génome puisque ce gène n'est pas muté ou amplifié dans les tumeurs. Son expression est associée au pronostic des gliomes en général mais sa fonction exacte est mal connue. Elle représente une nouvelle piste thérapeutique très intéressante.
On nous cite
Voir nos articles les plus cités
Taylor K,... Grill J. Nat Genet 2014 (ACVR1 in DIPG): 259
Grasso C,... Grill J, Monje M. Nat Med 2015 (Panobinostat DIPG): 224
Rutkowski S,... Grill J. J Clin Oncol 2010 (Biomarkers MB): 152
Puget S,… Grill J. PLoS ONE 2012 (2 class of DIPG): 148
Castel D,... Debily MA. Acta Neuropathol 2015 (H3.1vsH3.3): 220
Brugières L,... Grill J. J Clin Oncol 2012 (SUFU in MB): 77
Grill J, et al. Ped Blood Cancer 2012 (Oncomap of DIPG): 75
Puget S, et al. Grill J. J Clin Oncol 2009 (TNC & Notch in Ependymoma): 59
Grill J,... Ped Blood Cancer 2012 (first NGS for DIPG): 57
source: Mendeley January. 10th, 2021
Grasso C,... Grill J, Monje M. Nat Med 2015 (Panobinostat DIPG): 224
Rutkowski S,... Grill J. J Clin Oncol 2010 (Biomarkers MB): 152
Puget S,… Grill J. PLoS ONE 2012 (2 class of DIPG): 148
Castel D,... Debily MA. Acta Neuropathol 2015 (H3.1vsH3.3): 220
Brugières L,... Grill J. J Clin Oncol 2012 (SUFU in MB): 77
Grill J, et al. Ped Blood Cancer 2012 (Oncomap of DIPG): 75
Puget S, et al. Grill J. J Clin Oncol 2009 (TNC & Notch in Ependymoma): 59
Grill J,... Ped Blood Cancer 2012 (first NGS for DIPG): 57
source: Mendeley January. 10th, 2021
Le Programmes de recherche sur les gliomes infiltrants
du tronc et de la ligne médiane
1) Oncogénèse
Comprendre les mécanismes particuliers de l'oncogénèse de ces tumeurs.
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Collaborateurs: Kids Cancer Centre Sydney,
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Collaborateurs: Kids Cancer Centre Sydney,
Méthylation de l’ADN sur le génome entier et distribution des marques d’histone H3 en correlation avec l’expression génique et les sous-types moléculaires de gliomes infiltrants de la ligne médiane. Soutien pour la thèse de Chloé Subea
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Méthylation de l’ADN sur le génome entier et distribution des marques d’histone H3 en correlation avec l’expression génique et les sous-types moléculaires de gliomes infiltrants de la ligne médiane. Soutien pour la thèse de Chloé Subea
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Le transcriptome n’a pas beaucoup été étudié mais nous avait permis de différencier dès le début l’existence d’au moins deux types de gliomes infiltrants du tronc cérébral avec des différences nettes dans le profil d’expression des gènes sur les biopuces (Puget et al, PLoS ONE 2012). Le séquençage des ARN va nous apporter de nombreuses informations nouvelles y compris sur les ARN non-codant qu’on ne pouvait pas bien étudier sur les biopuces.
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Le transcriptome n’a pas beaucoup été étudié mais nous avait permis de différencier dès le début l’existence d’au moins deux types de gliomes infiltrants du tronc cérébral avec des différences nettes dans le profil d’expression des gènes sur les biopuces (Puget et al, PLoS ONE 2012). Le séquençage des ARN va nous apporter de nombreuses informations nouvelles y compris sur les ARN non-codant qu’on ne pouvait pas bien étudier sur les biopuces.
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Collaborateurs: Kids Cancer Centre Sydney,
Les modifications épigénétiques peuvent s’associer à des modifications de l’organisation de la chromatine qui seront étudiées spécifiquement dans nos différents modèles cellulaires.
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Les modifications épigénétiques peuvent s’associer à des modifications de l’organisation de la chromatine qui seront étudiées spécifiquement dans nos différents modèles cellulaires.
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Certains gliomes diffus de la ligne médiane présentent des altérations structurelles de leur ADN dont les mécanismes de survenue et le maintien ne sont pour l’instant pas bien expliqués. Ces anomalies seront étudiées dans nos différents modèles cellulaires pour identifier les gènes et les protéines impliquées.
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Certains gliomes diffus de la ligne médiane présentent des altérations structurelles de leur ADN dont les mécanismes de survenue et le maintien ne sont pour l’instant pas bien expliqués. Ces anomalies seront étudiées dans nos différents modèles cellulaires pour identifier les gènes et les protéines impliquées.
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Pour bien comprendre les mécanismes principaux qui sous-tendent le développement de ces tumeurs, il faut s’intéresser aux premiers évènements oncogéniques et comprendre comment ils se succèdent chronologiquement. Ces approche nous conduirons aussi à mieux identifier la ou les cellules d’origine de ces tumeurs. Nous utiliserons pour cela, outre des cultures en 2D, des organoïdes ou « minibrains ».
Sponsors: Fondation de France
Pour bien comprendre les mécanismes principaux qui sous-tendent le développement de ces tumeurs, il faut s’intéresser aux premiers évènements oncogéniques et comprendre comment ils se succèdent chronologiquement. Ces approche nous conduirons aussi à mieux identifier la ou les cellules d’origine de ces tumeurs. Nous utiliserons pour cela, outre des cultures en 2D, des organoïdes ou « minibrains ».
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2) Vulnérabilités et résistance à l'irradiation
COMPRENDRE LA RESISTANCE A L’IRRADIATION ET DECOUVRIR DE NOUVELLES VULNERABILITES DANS CES TUMEURS AVEC DES STRATEGIES D’EXTINCTION GENIQUE
En utilisant des pools de lentivirus codant pour des antisens (shRNA) contre differents ensembles de gènes pour infecter les cellules tumorales , cette stratégie permet d’identifier les gènes qui sont indispensables à la survie à l’état basal ou en présence d’un autre agent thérapeutique (létalité synthétique). Alternativement, une stratégie CRISPR/Cas9 sera être utilisée.
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En utilisant des pools de lentivirus codant pour des antisens (shRNA) contre differents ensembles de gènes pour infecter les cellules tumorales , cette stratégie permet d’identifier les gènes qui sont indispensables à la survie à l’état basal ou en présence d’un autre agent thérapeutique (létalité synthétique). Alternativement, une stratégie CRISPR/Cas9 sera être utilisée.
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La radiothérapie est seulement transitoirement efficace et encore pas chez tous les patients. En analysant nos modèles cellulaires et les cohortes de patients traités nous essayons de déterminer les biomarqueurs associés à la réponse à la radiothérapie. Nous utilisons des stratégies de suivi de lignage par fluorescence et de DNA barcoding pour suivre l’évolution des clônes tumoraux après irradiation in vitro et in vivo. Pour observer la dissémination tumorale dans les tissus cérébraux, nous utilisons des procédés de transparisation et de la microscopie à feuille de lumière.
Sponsors: Philanthropia/Lombard-Rodier, 
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La radiothérapie est seulement transitoirement efficace et encore pas chez tous les patients. En analysant nos modèles cellulaires et les cohortes de patients traités nous essayons de déterminer les biomarqueurs associés à la réponse à la radiothérapie. Nous utilisons des stratégies de suivi de lignage par fluorescence et de DNA barcoding pour suivre l’évolution des clônes tumoraux après irradiation in vitro et in vivo. Pour observer la dissémination tumorale dans les tissus cérébraux, nous utilisons des procédés de transparisation et de la microscopie à feuille de lumière.
Sponsors: Philanthropia/Lombard-Rodier,
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Nous réalisons des cribles de drogues en cours de développement (Grasso et al, Nat Med 2015) ou des banques de composés chimiques (jusqu’à 80000 composés) pour identifier ceux qui mériteraient d’être testées plus avant comme agent thérapeutique contre ces gliomes.
Collaborateurs:
Nous réalisons des cribles de drogues en cours de développement (Grasso et al, Nat Med 2015) ou des banques de composés chimiques (jusqu’à 80000 composés) pour identifier ceux qui mériteraient d’être testées plus avant comme agent thérapeutique contre ces gliomes.
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3) Invasion
COMPRENDRE LES INTERACTIONS ENTRE LA TUMEUR ET LE TISSU CEREBRAL
Les modèles de xénogreffe avec des cellules tumorales marquées permettent d’étudier l’invasion in vivo. Les transcripts murins peuvent être distinguer des transcripts humains après déconvolution du RNAseq. Les modifications de l’expression des gènes du stroma peut alors être suivie durant la croissance tumorale.
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Les modèles de xénogreffe avec des cellules tumorales marquées permettent d’étudier l’invasion in vivo. Les transcripts murins peuvent être distinguer des transcripts humains après déconvolution du RNAseq. Les modifications de l’expression des gènes du stroma peut alors être suivie durant la croissance tumorale.
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Pour étudier les interactions entre les cellules tumorales entre les protéines de la matrice extracellulaire d’une part et les cellules stromales d’autre part, nous utilisons des systèmes de culture en 2D et des modèles en 3D (cultures de cellules tumorales sur des tranches de cerveau murin).
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Pour étudier les interactions entre les cellules tumorales entre les protéines de la matrice extracellulaire d’une part et les cellules stromales d’autre part, nous utilisons des systèmes de culture en 2D et des modèles en 3D (cultures de cellules tumorales sur des tranches de cerveau murin).
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Ces correlations peuvent être faites à la fois chez le patient de façon ponctuelle au diagnostic et chez les modèles animaux et cette fois de façon longitudinale sans traitement ou après irradiation. Des IRM à très haut champs (11,7 Tesla) sont utilisées pour augmenter la résolution spatiale. Les modifications de l’IRM des patients peuvent être comparées à celles réalisées chez l’animal où ces dernières peuvent être corrélées à l’histologie et à la biologie.
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Collaborateurs: 
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AUTRES PROGRAMMES DE RECHERCHE
Ce syndrôme est du à une perte de fonction des 2 gènes codant pour une même protéine impliquée dans la réparation des mutations entrainant un mesappariement au niveau de l’ADN. Il est responsable de la survenue précoce de tumeurs lymphatiques, de tumeurs cérébrales et de cancers du colon. Ces tumeurs s’accompagnent d’un très grand nombre de mutations. Nous étudions spécifiquement l’oncogénèse particulière des gliomes qui surviennent dans ce syndrôme de prédisposition en utilisant des outils de génomique et en créant des modèles de xénogreffes.
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, Les Boucles du Coeur,
Collaborateurs:
Cette forme particulière de gliome très infiltrant correspond en fait a plusieurs entités biologiques distinctes sur le plan de profil moléculaire dont nous identifions les différentes présentations et cibles thérapeutiques spécifiques.
Sponsors: Les Boucles du Coeur,
Collaborateurs:
Aucun traitement médical n’a montré son efficacité dans aucune forme d’épendymome. Les anomalies biologiques récurrentes qui existent dans certains cas ne sont pas ciblables par des médicaments. L’absence de modèle cellulaire relevant et la rareté des modèles murins handicapent grandement les recherches de nouveaux traitements. Notre objectif est de développer un panel de ce type de xénogreffe représentatif des principaux types d’épendymomes.
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Collaborateurs: ,
En collaboration avec l’équipe de génétique de pédiatrie de Gustave Roussy, nous cherchons à découvrir des syndrômes prédisposant à la survenue des tumeurs en identifiant des situations particulières où une cause génétique peut-être suspectée (très jeune âge, histoire familiale, tumeurs multiples…).
Sponsors: Les Boucles du Coeur, , Fondation Gustave Roussy
Collaborateurs: 
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La présence d’une barrière physiologique entre la circulation sanguine et le cerveau empêche la pénétration des médicaments, des agents thérapeutiques et des cellules immunitaires. En injectant des microbulles dans la circulation sanguine puis en les mobilisant avec des ultrasons, cette technique permet d’ouvrir les jonctions entre les cellules de la paroi des vaisseaux permettant ainsi à des grosses molécules voire à des cellules de rentrer dans le cerveau.
Sponsors: ,
Collaborateurs: 
Ce projet vise à séquencer des tumeurs cérébrales rares dont l'oncogénèse est mal connue. Nous nous sommes intéressés aux tumeurs de l'épilepsie appelées DNET et aux Gangliogliomes Desmoplasiques Infantiles notamment.
Sponsors: Les Boucles du Coeur,
Collaborateurs: Integragen
Ces correlations peuvent être faites à la fois chez le patient de façon ponctuelle au diagnostic et chez les modèles animaux et cette fois de façon longitudinale sans traitement ou après irradiation. Des IRM à très haut champs (11,7 Tesla) sont utilisées pour augmenter la résolution spatiale. Les modifications de l’IRM des patients peuvent être comparées à celles réalisées chez l’animal où ces dernières peuvent être corrélées à l’histologie et à la biologie.
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AUTRES PROGRAMMES DE RECHERCHE
Ce syndrôme est du à une perte de fonction des 2 gènes codant pour une même protéine impliquée dans la réparation des mutations entrainant un mesappariement au niveau de l’ADN. Il est responsable de la survenue précoce de tumeurs lymphatiques, de tumeurs cérébrales et de cancers du colon. Ces tumeurs s’accompagnent d’un très grand nombre de mutations. Nous étudions spécifiquement l’oncogénèse particulière des gliomes qui surviennent dans ce syndrôme de prédisposition en utilisant des outils de génomique et en créant des modèles de xénogreffes.
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Collaborateurs:
Ce syndrôme est du à une perte de fonction des 2 gènes codant pour une même protéine impliquée dans la réparation des mutations entrainant un mesappariement au niveau de l’ADN. Il est responsable de la survenue précoce de tumeurs lymphatiques, de tumeurs cérébrales et de cancers du colon. Ces tumeurs s’accompagnent d’un très grand nombre de mutations. Nous étudions spécifiquement l’oncogénèse particulière des gliomes qui surviennent dans ce syndrôme de prédisposition en utilisant des outils de génomique et en créant des modèles de xénogreffes.
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Cette forme particulière de gliome très infiltrant correspond en fait a plusieurs entités biologiques distinctes sur le plan de profil moléculaire dont nous identifions les différentes présentations et cibles thérapeutiques spécifiques.
Sponsors: Les Boucles du Coeur,
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Cette forme particulière de gliome très infiltrant correspond en fait a plusieurs entités biologiques distinctes sur le plan de profil moléculaire dont nous identifions les différentes présentations et cibles thérapeutiques spécifiques.
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Aucun traitement médical n’a montré son efficacité dans aucune forme d’épendymome. Les anomalies biologiques récurrentes qui existent dans certains cas ne sont pas ciblables par des médicaments. L’absence de modèle cellulaire relevant et la rareté des modèles murins handicapent grandement les recherches de nouveaux traitements. Notre objectif est de développer un panel de ce type de xénogreffe représentatif des principaux types d’épendymomes.
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Aucun traitement médical n’a montré son efficacité dans aucune forme d’épendymome. Les anomalies biologiques récurrentes qui existent dans certains cas ne sont pas ciblables par des médicaments. L’absence de modèle cellulaire relevant et la rareté des modèles murins handicapent grandement les recherches de nouveaux traitements. Notre objectif est de développer un panel de ce type de xénogreffe représentatif des principaux types d’épendymomes.
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En collaboration avec l’équipe de génétique de pédiatrie de Gustave Roussy, nous cherchons à découvrir des syndrômes prédisposant à la survenue des tumeurs en identifiant des situations particulières où une cause génétique peut-être suspectée (très jeune âge, histoire familiale, tumeurs multiples…).
Sponsors: Les Boucles du Coeur, , Fondation Gustave Roussy
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En collaboration avec l’équipe de génétique de pédiatrie de Gustave Roussy, nous cherchons à découvrir des syndrômes prédisposant à la survenue des tumeurs en identifiant des situations particulières où une cause génétique peut-être suspectée (très jeune âge, histoire familiale, tumeurs multiples…).
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, Fondation Gustave RoussyCollaborateurs:
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La présence d’une barrière physiologique entre la circulation sanguine et le cerveau empêche la pénétration des médicaments, des agents thérapeutiques et des cellules immunitaires. En injectant des microbulles dans la circulation sanguine puis en les mobilisant avec des ultrasons, cette technique permet d’ouvrir les jonctions entre les cellules de la paroi des vaisseaux permettant ainsi à des grosses molécules voire à des cellules de rentrer dans le cerveau.
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La présence d’une barrière physiologique entre la circulation sanguine et le cerveau empêche la pénétration des médicaments, des agents thérapeutiques et des cellules immunitaires. En injectant des microbulles dans la circulation sanguine puis en les mobilisant avec des ultrasons, cette technique permet d’ouvrir les jonctions entre les cellules de la paroi des vaisseaux permettant ainsi à des grosses molécules voire à des cellules de rentrer dans le cerveau.
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Ce projet vise à séquencer des tumeurs cérébrales rares dont l'oncogénèse est mal connue. Nous nous sommes intéressés aux tumeurs de l'épilepsie appelées DNET et aux Gangliogliomes Desmoplasiques Infantiles notamment.
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Collaborateurs: Integragen
Ce projet vise à séquencer des tumeurs cérébrales rares dont l'oncogénèse est mal connue. Nous nous sommes intéressés aux tumeurs de l'épilepsie appelées DNET et aux Gangliogliomes Desmoplasiques Infantiles notamment.
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Collaborateurs: Integragen
Les Compétences du labo 
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Organoides de cerveau
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Transparization de tumeurs
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BBBD with ultrasounds shown with Evans Blue Dye
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Transparization of mouse brain for lightsheet visualization
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Tumor Growth Monitoring with Bioluminescence (Luciferase)
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Tumor tracking after lentiviral transduction of a fluorescent reporter (mKate)
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Lineage tracking after lentiviral transduction of reporter genes with fluorescent proteins
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Genomics
Mutations WES : all genes mutated at least twice in the whole cohort of 100 DIPG
CNV WES : hierarchical clustering of DIPG according to chromosomal aberrations
RNAseq : supervised clustering of gene expression according to histone mutations
Integration : distinction of genemic landscapes in H3.1 and H3.3 mutated DIPG
Epigenetics MethylationArray : H3.1 and H3.3 mutated DIPG have different methylation profiles/Epigenetic_ChIPseq
Publications
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Histone H3 wild‑type DIPG/DMG overexpressing EZHIP extend the spectrum diffuse midline gliomas with PRC2 inhibition beyond H3‑K27M mutation
Acta Neuropathologica Communications 2020 -
A kinome-wide shRNA screen uncovers vaccinia-related kinase 3 (VRK3) as an essential gene for diffuse intrinsic pontine glioma survival
Oncongene 2019 -
The dark matter of diffuse intrinsic pontine gliomas: an update
Expert Opinion on Orphan Drugs 2019 -
Clinical, Radiologic, Pathologic, and Molecular Characteristics of Long-Term Survivors of Diffuse Intrinsic Pontine Glioma (DIPG): A Collaborative Report From the International and European Society for Pediatric Oncology DIPG Registries
Journal of Clinical Oncology 2018 -
A common polymorphism in the 5′ UTR of ERCC5 creates an upstream ORF that confers resistance to platinum-based chemotherapy
Cold Spring Harbor Laboratory Press 2018 -
Transcriptomic and epigenetic profiling of 'diffuse midline gliomas, H3 K27M-mutant' discriminate two subgroups based on the type of histone H3 mutated and not supratentorial or infratentorial location
Acta Neuropathologica Communications 2018 -
Molecular, Pathological, Radiological, and Immune Profiling of Non-brainstem Pediatric High-Grade Glioma from the HERBY Phase II Randomized Trial
CancerCell 2018 -
Diffuse intrinsic pontine gliomas—current management and new biologic insights. Is there a glimmer of hope?
Neuro-Oncology 2017 -
Functionally-defined Therapeutic Targets in Diffuse Intrinsic Pontine Glioma
Nature Medicine 2015 -
New in vivo avatars of diffuse intrinsic pontine gliomas (DIPG) from stereotactic biopsies performed at diagnosis
Oncotarget 2017 -
Integrating Tenascin-C protein expression and 1q25 copy number status in pediatric intracranial ependymoma prognostication: A new model for risk stratification
PLoSONE 2017 -
Integrated Molecular Meta-Analysis of 1,000 Pediatric High-Grade and Diffuse Intrinsic Pontine Glioma
CancerCell 2017 -
MYB-QKI rearrangements in Angiocentric Glioma drive tumorigenicity through a tripartite mechanism
National Genetics 2016 -
Resource: New Brain Tumor Entities Emerge from Molecular Classification of CNS-PNETs
CancerCell 2016 -
Papillary glioneuronal tumors: histological and molecular characteristics and diagnostic value of SLC44A1-PRKCA fusion
Acta Neuropathologica Communication 2015 -
Preclinical evaluation of dasatinib alone and in combination with cabozantinib for the treatment of diffuse intrinsic pontine glioma
Neuro-Oncology 2015 -
Pediatric and adult glioblastoma: multiform (epi)genomic culprits emerge
Nat Rev Cancer 2014 -
Recurrent activating ACVR1 mutations in diffuse intrinsic pontine glioma
Taylor 2014 -
Reduced H3K27me3 and DNA Hypomethylation Are Major Drivers of Gene Expression in K27M Mutant Pediatric High-Grade Gliomas
CancerCell 2013 -
Current and evolving knowledge of prognostic factors for pediatric ependymomas
Future Oncology 2013 -
Mesenchymal Transition and PDGFRA Amplification / Mutation Are Key Distinct Oncogenic Events in Pediatric Diffuse Intrinsic Pontine Gliomas
PLoSONE 2012 -
Portrait of Ependymoma Recurrence in Children: Biomarkers of Tumor Progression Identified by Dual-Color Microarray-Based Gene Expression Analysis
PLoSONE 2010
Patients with High-Grade Gliomas and Café-au-Lait Macules: Is Neurofibromatosis
AJNR Am J Neuroradiol. 2019 May 9
New research directions in medulloblastoma
Neurochirurgie. 2019 Mar 20
CT and Multimodal MR Imaging Features of Embryonal Tumors with Multilayered Rosettes in Children
AJNR Am J Neuroradiol. 2019 Apr 4
Diagnostics of pediatric supratentorial RELA ependymomas: integration of information from histopathology, genetics, DNA methylation and imaging
Brain Pathol. 2019 May 29
Childhood supratentorial ependymomas with YAP1-MAMLD1 fusion: an entity with characteristic clinical, radiological, cytogenetic and histopathological features
Brain Pathol. 2019 Mar 29
International experience in the development of patient-derived xenograft models of diffuse intrinsic pontine glioma
Erratum in: J Neurooncol. 2018 Nov 27
Transcriptomic and epigenetic profiling of 'diffuse midline gliomas, H3 K27M-mutant' discriminate two subgroups based on the type of histone H3 mutated and not supratentorial or infratentorial location
Acta Neuropathol Commun. 2018 Nov 5
Molecular, Pathological, Radiological, and Immune Profiling of Non-brainstem Pediatric High-Grade Glioma from the HERBY Phase II Randomized Trial.
Cancer Cell. 2018 May 14
Clinical, Radiologic, Pathologic, and Molecular Characteristics of Long-Term Survivors of Diffuse Intrinsic Pontine Glioma (DIPG): A Collaborative Report From the International and European Society for Pediatric Oncology DIPG Registries.
J Clin Oncol. 2018 Jul 1
Computation of reliable textural indices from multimodal brain MRI: suggestions based on a study of patients with diffuse intrinsic pontine glioma.
Phys Med Biol. 2018 May 10
Historadiological correlations in high-grade glioma with the histone 3.3 G34R mutation.
J Neuroradiol. 2018 Sep
Cerebral blood flow changes after radiation therapy identifies pseudoprogression in diffuse intrinsic pontine gliomas.
Neuro Oncol. 2018 Jun 18
Germline SUFU mutation carriers and medulloblastoma: clinical characteristics, cancer risk, and prognosis.
Neuro Oncol. 2018 Jul 5
Integrated Molecular Meta-Analysis of 1,000 Pediatric High-Grade and Diffuse Intrinsic Pontine Glioma.
Cancer Cell. 2017 Oct 9
New in vivo avatars of diffuse intrinsic pontine gliomas (DIPG) from stereotactic biopsies performed at diagnosis.
Oncotarget. 2017 Feb 2
Multimodal Magnetic Resonance Imaging of Treatment-Induced Changes to Diffuse Infiltrating Pontine Gliomas in Children and Correlation to Patient Progression-Free Survival.
Int J Radiat Oncol Biol Phys. 2017 Oct 1
Integrating Tenascin-C protein expression and 1q25 copy number status in pediatric intracranial ependymoma prognostication: A new model for risk stratification.
PLoS One. 2017 Jun 15
Evaluation of a novel antibody to define histone 3.3 G34R mutant brain tumours.
Acta Neuropathol Commun. 2017 Jun 6
Diffuse intrinsic pontine gliomas-current management and new biologic insights. Is there a glimmer of hope?
Neuro Oncol. 2017 Aug 1
Co-occurrence of histone H3 K27M and BRAF V600E mutations in paediatric midline grade I ganglioglioma.
Brain Pathol. 2018 Jan
Recurrent MET fusion genes represent a drug target in pediatric glioblastoma.
Nat Med. 2016 Nov
Histone H3 genotyping refines clinico-radiological diagnostic and prognostic criteria in DIPG.
Acta Neuropathol. 2016 May
New Brain Tumor Entities Emerge from Molecular Classification of CNS-PNETs.
Cell. 2016 Feb 25
MYB-QKI rearrangements in angiocentric glioma drive tumorigenicity through a tripartite mechanism.
Nat Genet. 2016 Mar
Papillary glioneuronal tumors: histological and molecular characteristics and diagnostic value of SLC44A1-PRKCA fusion.
Acta Neuropathol Commun. 2015 Dec 15
Translating preclinical hopes into clinical reality for children with ependymoma.
Neuro Oncol. 2015 Dec
Histone H3F3A and HIST1H3B K27M mutations define two subgroups of diffuse intrinsic pontine gliomas with different prognosis and phenotypes.
Acta Neuropathol. 2015 Dec
Primary Leptomeningeal Gliomatosis in Children and Adults: A Morphological and Molecular Comparative Study With Literature Review.
Neurosurgery. 2016 Mar
A common polymorphism in the 5' UTR of ERCC5 creates an upstream ORF that confers resistance to platinum-based chemotherapy.
Genes Dev. 2015 Sep 15
Functionally defined therapeutic targets in diffuse intrinsic pontine glioma.
Nat Med. 2015 Jun Erratum in: Nat Med. 2015 Jul
Long survival in a child with a mutated K27M-H3.3 pilocytic astrocytoma.
Ann Clin Transl Neurol. 2015 Apr
Expression profiles of 151 pediatric low-grade gliomas reveal molecular differences associated with location and histological subtype.
Neuro Oncol. 2015 Nov
Preclinical evaluation of dasatinib alone and in combination with cabozantinib for the treatment of diffuse intrinsic pontine glioma.
Neuro Oncol. 2015 Jul
Inhibition of the NOTCH pathway using γ-secretase inhibitor RO4929097 has limited antitumor activity in established glial tumors.
Anticancer Drugs. 2015 Mar
Recurrent activating ACVR1 mutations in diffuse intrinsic pontine glioma.
Nat Genet. 2014 May
Pediatric low-grade gliomas: how modern biology reshapes the clinical field.
Biochim Biophys Acta. 2014 Apr
Paediatric and adult glioblastoma: multiform (epi)genomic culprits emerge.
Nat Rev Cancer. 2014 Feb
Neuro-oncology: Stability of medulloblastoma subgroups at tumour recurrence.
Nat Rev Neurol. 2014 Jan
Reduced H3K27me3 and DNA hypomethylation are major drivers of gene expression in K27M mutant pediatric high-grade gliomas.
Cancer Cell. 2013 Nov 11
Rubinstein-Taybi syndrome predisposing to non-WNT, non-SHH, group 3 medulloblastoma.
Pediatr Blood Cancer. 2014 Feb
Current and evolving knowledge of prognostic factors for pediatric ependymomas.
Future Oncol. 2013 Feb
High frequency of germline SUFU mutations in children with desmoplastic/nodular medulloblastoma younger than 3 years of age.
J Clin Oncol. 2012 Jun 10
Mesenchymal transition and PDGFRA amplification/mutation are key distinct oncogenic events in pediatric diffuse intrinsic pontine gliomas.
PLoS One. 2012
Copy number gain of 1q25 predicts poor progression-free survival for pediatric intracranial ependymomas and enables patient risk stratification: a prospective European clinical trial cohort analysis on behalf of the Children's Cancer Leukaemia Group (CCLG), Societe Francaise d'Oncologie Pediatrique (SFOP), and International Society for Pediatric Oncology (SIOP).
Clin Cancer Res. 2012 Apr 1
Critical oncogenic mutations in newly diagnosed pediatric diffuse intrinsic pontine glioma.
Pediatr Blood Cancer. 2012 Apr
Prognostic classification of pediatric medulloblastoma based on chromosome 17p loss, expression of MYCC and MYCN, and Wnt pathway activation.
Neuro Oncol. 2012 Feb
Pediatric ependymomas: will molecular biology change patient management?
Curr Opin Oncol. 2011 Nov
Histopathological grading of pediatric ependymoma: reproducibility and clinical relevance in European trial cohorts.
J Negat Results Biomed. 2011 May 31
Neuropathological and neuroradiological spectrum of pediatric malignant gliomas: correlation with outcome.
Neurosurgery. 2011 Jul
Clinical relevance of tumor cells with stem-like properties in pediatric brain tumors.
PLoS One. 2011 Jan 28
Atypical teratoid rhabdoid tumor mimicking beta-catenin-positive nodular medulloblastoma.
Acta Neuropathol. 2011 Mar
Portrait of ependymoma recurrence in children: biomarkers of tumor progression identified by dual-color microarray-based gene expression analysis.
PLoS One. 2010 Sep 24
Neuronal differentiation distinguishes supratentorial and infratentorial childhood ependymomas.
Neuro Oncol. 2010 Nov
Incomplete penetrance of the predisposition to medulloblastoma associated with germ-line SUFU mutations.
J Med Genet. 2010 Feb
Astrocytes reverted to a neural progenitor-like state with transforming growth factor alpha are sensitized to cancerous transformation.
Stem Cells. 2009 Oct
Candidate genes on chromosome 9q33-34 involved in the progression of childhood ependymomas.
J Clin Oncol. 2009 Apr 10
L'equipe
- Marie-Anne Debily, Biologiste, Maitre de Conférence des Universités, Université Paris – Saclay (site Evry Val d’Essonne), spécialité Génomique.
- David Castel, Pharmacien-Biologiste, Chercheur – Gustave Roussy (Département de Pédiatrie), spécialité Biologie Moléculaire et Biologie Cellulaire.
- Thomas Kergrohen, Bioinformaticien(ne), CDI (Financement Imagine 4 Margo dans le cadre de l’essai BIOMEDE).
- Ludivine Le Dret, Assistante-Ingénieur en cours de formation d’Ingénieur à l’Ecole Pratique des Hautes Etudes (EPHE), CDI (Faculté de Médecine du Kremlin-Bicêtre).
- Manon Lancien, Technicienne- Samia Ghermaoui, Technicienne
- Laurence Brugières, Médecin-Chercheur des Centres de Lutte Contre Le Cancer
- Christelle Dufour, Médecin-Chercheur des Centres de Lutte Contre Le Cancer
- Jacques Grill, Médecin-Spécialiste des Centres de Lutte Contre Le Cancer, responsable scientifique de l’équipe.
- Marco Bruschi, Post-doctorant, Biologiste, Cellules souches
- Stephanie Picot
- Léa Guerrini-Rousseau, Pédiatre oncogénéticienne
- Coralie Werbrouck, (Philantropia/Lombard-Rodier)
- Kevin Beccaria, (DIPG Collaborative/Cure Starts Now)
- Virginie Menez, (Fondation de France/Fond Inkerman)Alumni
- Stéphanie Puget
- Felipe Andreiuolo- Stephanie Picot
- Nathalène Truffaux
- Guillaume Bergthold 
- Emilie Barret
- Jane Merlevede
- Natalie Philips
- Alexandre Plessier
- Claudia Silva-Evangelista
Le travail de recherche réalisé par notre équipe bénéficie du soutien des pouvoirs publics et de nombreuses associations caritatives en France et au-delà, certaines associations depuis plusieurs années. Ce soutien nous est très cher car il permet de réagir vite aux défis de la recherche sur les tumeurs cérébrales de l'enfant.
Sans le soutien des associations caritatives, nous irions deux fois moins vite. Il nous montre que notre recherche répond aux attentes des familles des patients. Moralement, c'est très important pour les chercheurs de sentir ce formidable élan de solidarité qui nous pousse vers l'avant au quotidien.
Nos partenaires de recherche
